La série commence quelques heures après la mort de Godzilla dans la film de 1998. Des recherches sont faites pour s'assurer qu'aucun des œufs de la créature n'a échappé à la destruction. Malgré cela, un œuf survit, et éclot avec comme unique témoin le professeur Nick Tatopoulos.. En quelques mois, le bébé grandit à une grande vitesse et atteint une taille gigantesque. L'histoire se centre sur l'équipe de Nick combattant différents mutants. Godzilla sert comme leur allié, protégeant les humains en combattant généralement les autres monstres.